1、一般情況下，該機不得連續使用超過48小時；
2、一定要保證樣品*凍結成冰，否則將會造成殘留液體轉化為氣態而產生噴射；
3、冷阱溫度約為-65℃，可代替低溫冰箱，但為了防止凍傷必須戴好保溫手套進行操作；
4、出水閥擰緊與否和充氣閥是否關閉，必須是在啟動真空泵以前進行檢查，同時注意有機玻璃罩與橡膠圈的接觸面是否清潔無污物并且密封良好；
5、盡可能擴大制備樣品的表面積，樣品中不應包括含有酸堿物質和揮發性的有機溶劑；
6、在冷凍干燥機冷凍樣品的過程中，溫度會逐漸降低，這時可以將仍處于冰凍狀態的樣品取出回暖一段時間后，在繼續干燥，這樣可以縮短干燥的時間。

冷凍干燥機是將含水物品預先凍結，然后將其水分在真空狀態下升華而獲得干燥物品的一種技術方法。經冷凍干燥處理的物品易于長期保存，真空冷凍干燥機加水后能恢復到凍干前的狀態并保持原由的生化特性。廣泛應用于藥品、生物制品、化工及食品工業，對于熱敏物質如抗菌素、疫苗、血液制品、酶激素和其它生物制品，冷凍干燥技術更能顯示其*性。